Os biodigestores podem ser construídos em qualquer processo agrícola, em que os efluentes gerados tenham produção de gás metano, como também podem ser construídos com o objetivo de auxiliar no tratamento de efluentes e produção de biofertilizantes.

O biogás gerado pelos biodigestores, pode ser utilizado em diversos processos, como a geração de energia por geradores movidos à biogás, ou no aquecimento dos galpões, por equipamentos que utilizem o biogás, substituindo a utilização de gás GLP ou lenha.

Os biodigestores são projetados de acordo com o volume (m³) de efluentes produzidos pelo produtor rural e o tempo de retenção necessário para a melhor produção de biogás.